Met de onderbouwing en visualisatie van de ontwerpvarianten als handvatten zijn vervolgens de meest kansrijke  locaties geselecteerd. Bij dit beslissingstraject zijn de varianten door domeinexperts beoordeeld op ecologie, milieueffecten, haalbaarheid, kosten en kosteneffectiviteit. Om een goed functionerend ecosysteem voor het hele gebied te creëren zijn de locaties Kinselbaai, De Nes, Schardammer Kogen en Uiterdijk tot voorkeursalternatieven geselecteerd.

Voor het verbeteren en creëren van leefgebieden voor vogels en vissen en het verbeteren van waterkwaliteit worden onder meer de volgende nieuwe vismigratievoorzieningen ingericht als paai- en opgroeigebied voor vis. Er worden onder andere  natuurlijke oeverleefgebieden gecreëerd, geleidelijke overgang van water naar land verstrekt en gerealiseerd, zones met ondiep en helder water toegevoegd, overgangen in waterdiepten versterkt en het verbinden van buiten- en binnendijks gebied.