In 2011 werd het voorstel voor een afgezonken tunnel gekozen als de beste optie voor deze verbinding. De organisatie Femern A/S werd opgericht om de bouw te plannen, te financieren en te realiseren. Femern A/S wordt ondersteund door een ontwerpteam bestaande uit een joint venture tussen Ramboll, Arup en TEC (zelf een samenwerking tussen Witteveen+Bos en RHDHV). Dit team heeft het referentieontwerp gemaakt en is nu betrokken als adviseur van Femern A/S tijdens de bouwfase. Het doel van Witteveen+Bos is om te helpen bij de bouw van een state-of-the-art afgezonken tunnel die qua constructie, exploitatie en onderhoud een periode van 120 jaar kan doorstaan.

Een van de sterke punten van het tunnelontwerp is het produceren in segmenten. Naast het speciale bouwdok worden fabriekshallen gerealiseerd voor de productie van de tunnelsegmenten. Door het uitsluiten van weersinvloeden ontstaat een gunstig klimaat voor zowel de arbeiders als voor de kwaliteit van het beton. In een hal worden de wapeningskorven geprefabriceerd die later in de systeemkist worden gehesen. Na het storten van het beton drukken grote hydraulische vijzels het tunnelsegment uit de kist.

Na 9 segmenten is een tunnelelement gereed en wordt het uit de fabriekshal gedrukt. Het tunnelelement komt in het aangrenzende dok terecht dat onderwater wordt gezet waarna ze vervolgens worden uitgevaren. Naast het uitsluiten van de weersinvloeden is op deze manier ook het afzinkproces onafhankelijk van het productieproces ingericht.